Il existe plusieurs méthodes permettant de mesurer les microcystines totales dans l'eau potable à des concentrations bien inférieures à la CMA proposée. À l'aide d'une méthode de laboratoire validée, toutes les variantes de microcystines mesurables qui sont dissoutes dans l'eau ou liées à l'intérieur des cellules cyanobactériennes devraient faire l'objet d'une analyse.